中国医学の針など、最近では迷信と信じられたいくつかの代替医療の効果が医学的に証明されるにいたってその一部が病院での医療に取り込まれだしている。日本、韓国、中国などでは正規の病院で漢方薬が処方される。アメリカでも10を超える州で医学的に効果の証明されたものには保険が適用されている。ただしレイキ、ホメオパシーなど現在でもその効用が実証されていないものは除外されている。
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1992年、国民の利用関心を背景としてアメリカ国立衛生研究所(NIH)に、アメリカ国立補完代替医療センター(NCCAM)が設置された。 当初の年間予算は200万ドルであったが、現在では1億ドル以上の予算が割り当てられている[1]。 全米の医科大学・医学ラボ等での代替医療研究を振り分け、政府予算も割り当てられている。2000年には、ホワイトハウスに補完代替医療政策委員会が設置される。代替医療の教育について、全米の医学生が少なくともひとつの代替医療を並行して学べる体制を各医学部が備えていることが望ましいとして、国立衛生研究所では公式に推奨している。そのような代替医療教育体制は全米の医科大学の50%以上で既に実施されている。1998年の段階でも、全米125医学校中75校が非西洋医療の講座・単位を持つようになっていた。医学生の側も80%余りが代替医療を身に着けたいとアンケートに答えている。
ジョージタウン大学は代替医療教育において初めて正規課程(修士課程)を定めた学校であり、国立衛生研究所が目と鼻の先にあることもあり、多くの代替医学研究がされている。また、アリゾナ大学の医学教授アンドルー・ワイルにより西洋医学による医療と代替医療とをあわせた統合医療が教育実践されている。
食事療法や健康食品の使用についても、特定の疾患では注意した上で容認するというガイドラインがある[1]。食事療法や健康食品のような分野は代替医療の中でも研究が行われにくいために、エビデンスが少ないと報告されている